Danh sách các đơn vị trực thuộc:[4]

1. Văn phòng, Chánh Văn phòng: Nguyễn Tiến Long[5]
2. Vụ thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra án an ninh (vụ 1), Vụ trưởng: Nguyễn Tiến Sơn
3. Vụ thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra án trật tự xã hội (vụ 2), Vụ trưởng: Lê Minh Long
4. Vụ thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra án kinh tế (vụ 3), Vụ trưởng: Lê Tiến
5. Vụ thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra án ma túy (vụ 4), Vụ trưởng: Nguyễn Văn Hải[6][7][8]
6. Vụ thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra án tham nhũng, chức vụ (vụ 5), Vụ trưởng: Lê Đức Xuân
7. Vụ thực hành quyền công tố và kiểm sát điều tra án xâm phạm hoạt động tư pháp, tham nhũng, chức vụ xảy ra trong hoạt động tư pháp (vụ 6), ra mắt ngày 6 tháng 8 năm 2015[3], Vụ trưởng: Lại Văn Loan
8. Vụ thực hành quyền công tố và kiểm sát xét xử hình sự (vụ 7), Vụ trưởng: Hồ Đức Anh
9. Vụ kiểm sát việc tạm giữ, tạm giam và thi hành án hình sự (vụ 8), Vụ trưởng: Lương Minh Thống[9][10]
10. Vụ kiểm sát việc giải quyết các vụ, việc dân sự, hôn nhân và gia đình (vụ 9), Vụ trưởng: Vương Văn Bép[8]
11. Vụ kiểm sát việc giải quyết các vụ án hành chính, vụ việc kinh doanh, thương mại, lao động và những việc khác theo quy định của pháp luật (vụ 10), Vụ trưởng: Phan Văn Tâm[11]
12. Vụ kiểm sát thi hành án dân sự (vụ 11), Vụ trưởng: Nguyễn Kim Sáu[12]
13. Vụ kiểm sát và giải quyết đơn khiếu nại, tố cáo trong hoạt động tư pháp (vụ 12), Vụ trưởng: Phạm Thanh Từng[12]
14. Vụ hợp tác quốc tế và tương trợ tư pháp về hình sự (vụ 13), Vụ trưởng: Vũ Thị Hải Yến (từ 15/2/2020,[13] vụ phó phụ trách từ 1 tháng 7 năm 2019)
15. Vụ pháp chế và quản lý khoa học (vụ 14), Vụ trưởng: Hoàng Thị Quỳnh Chi[14]
16. Vụ tổ chức cán bộ (vụ 15), Vụ trưởng: Tăng Ngọc Tuấn
17. Vụ thi đua - khen thưởng (vụ 16), thành lập tháng 9 năm 2013, Vụ trưởng: Vũ Việt Hùng[2]
18. Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao (cục 1), Thủ trưởng:
19. Cục thống kê tội phạm và công nghệ thông tin (cục 2), Cục trưởng: Trần Văn Trung[15]
20. Cục kế hoạch - tài chính (cục 3), Cục trưởng: Lương Văn Thành[16]
21. Thanh tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao (T1), Quyền Chánh thanh tra: Phạm Duy Hải[17]
22. Trường Đại học Kiểm sát Hà Nội (T2), Hiệu trưởng: Lại Viết Quang[18]
23. Trường đào tạo, bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm sát tại thành phố Hồ Chí Minh (T3), Hiệu trưởng: Nguyễn Văn Khoát[19]
24. Tạp chí Kiểm sát (T4), Tổng biên tập: Nguyễn Như Hùng[20]
25. Báo Bảo vệ pháp luật (T5), Tổng biên tập: Nguyễn Văn Thắng[21]